Так бывает иногда, особенно когда ты работаешь в Unix окружении, развернув с помощью Git проект, пишешь git status и видишь, что абсолютно все файлы проекта маркнуты как modified и в терминале светятся красным. Пример:

Да в чем же дело? Никаких же изменений нет в файле , он в исходном варианте, а все равно светится красным. Причиной этому становятся как правило измененные права доступа к файлу CHMOD.
Исправить в Git эту проблему очень просто, достаточно добавить в глобальный конфиг в развернутом проекте настройку
git config core.fileMode false
После чего пишем git status и вуаля, все работает как положено.